医疗损害鉴定与医疗事故鉴定在鉴定主体、鉴定内容、鉴定标准等方面存在差异。医疗损害鉴定由司法鉴定机构进行，主要对医疗行为是否存在过错、过错与损害结果之间是否存在因果关系等进行鉴定；而医疗事故鉴定由医学会组织专家进行，主要对是否构成医疗事故进行鉴定。